در قرارداد سبدگردانی اختصاصی، کارمزد ارائه خدمات به صورت توافقی بین سرمایه گذار و سبدگردان تعیین می شود. این کارمزد معمولا شامل دو قسمت ثابت و متغیر است.
بخش ثابت: مبتنی بر ارزش روز دارایی سبد اختصاصی می باشد:
کارمزد ثابت مطابق با دستورالعمل سازمان بورس و اوراق بهادار درصد ثابتی از مجموع ارزش اوراق بهادار موجود در سبد هر مشتری است که در هنگام انعقاد قرارداد سبدگردانی درخصوص آن مابین شرکت سبدگردان و مشتری توافق حاصل می‌گردد. این کارمزد به‌صورت روزانه محاسبه و در مقاطع ۳ ماهه از مشتری دریافت می‌شود یا از مانده دارایی‌های وی نزد شرکت سبدگردان کسر می‌گردد.
بخش متغیر: مبتنی بر عملکرد سبد گردان می باشد.
یکی از روش‌های حذف اثرات ورود و خروج پول در سبد اختصاصی مشتری جهت محاسبه بازده، در نظر گرفتن میانگین موزون آورده وی طی مواعد زمانی مختلف است؛ به‌نحوی که سود کسب‌شده طی زمان برای مشتری، با توجه به متوسط ماندگاری هر یک از وجوه نقد واریزی توسط وی نزد سبدگردان سنجیده شود. به این روش محاسبه، بازده پول-وزنی گفته می‌شود که طبق دستورالعمل تأسیس و فعالیت سبدگردان (مصوب سازمان بورس و اوراق بهادار)، مهم‌ترین معیار پذیرفته‌شده جهت محاسبه بازده سبد در بازار سرمایه ایران است.
در میانگین موزون پول-وزنی، میانگین وزنی منابع موجود نزد سبدگردان بر اساس تعداد روزهای نگهداری‌شده و همچنین مبلغ ورودی (خروجی) محاسبه می‌شود و از رابطه زیر به‌دست می‌آید:
که در آن:
MWRRT = بازده پول-وزنی (Money-Weighted Rate of Return) از ابتدای قرارداد تا انتهای زمان T؛
T = زمان (Time) محاسبه بازده، بر اساس تعداد روز سپری‌شده از قرارداد (زمان 0 = روز انعقاد قرارداد)؛
CFt = جریان نقد (Cash Flow) ورودی و خروجی (با علامث + و -) به سبد مشتری در زمان t را نشان می‌دهد.
بدیهی است در این رابطه، آورده (نقد یا غیرنقد) مشتری در روز ابتدای انعقاد قرارداد به‌صورت یک جریان نقد ورودی، و ارزش روز پرتفوی در روز محاسبه بازده (بر حسب قیمت‌های پایانی دارایی‌های پرتفوی در آن روز) به‌صورت یک جریان نقد خروجی فرض می‌شود. در این صورت می‌توان بازده سبد مشتری در طول دوران قرارداد را به‌صورت یک سری زمانی {t = 0, …, T} محاسبه و در نمودار ترسیم کرد.
یکی دیگر از روش‌های محاسبه بازده، حذف اثرات ورود و خروج پول (تغییرات آورده مشتری) در همان روز وقوع و محاسبه روز به روز بازده (و سپس مرکب‌سازی آن برای محاسبه در روزها و دوره‌های بعد) است که به آن بازده زمان-وزنی گفته می‌شود و طبق دستورالعمل تأسیس و فعالیت سبدگردان (مصوب سازمان بورس و اوراق بهادار)، عمدتاً از آن جهت محاسبه بازده کل (میانگین بازده) سبدهای تحت مدیریت یک شرکت سبدگردان در بازار سرمایه ایران استفاده می‌شود. البته شایان ذکر است که محاسبه بازده در صندوق‌های سرمایه‌گذاری مشترک (Mutual Funds) نیز با استفاده از رابطه TWRR صورت می‌گیرد که در هر صورت، از رابطه زیر محاسبه می‌شود:
که در آن:
TWRRT = بازده زمان-وزنی (Time-Weighted Rate of Return) از ابتدای قرارداد تا انتهای زمان T؛
rt = بازده (return) یک روز مشخص t (یا یک زیردوره که در آن تغییرات آورده صورت نپذیرفته) نسبت به روز (یا زیردوره) قبل؛
Pt = ارزش روز پرتفوی (Portfolio) با توجه به قیمت‌های پایانی در یک تاریخ مشخص t را نشان می‌دهد.
جهت محاسبه بازده یک زیردوره مشخص، Pt در صورت کسر، ارزش کل دارایی‌های تحت مدیریت (کل سبدهای اختصاصی) سبدگردان در انتهای زیردوره (بدون در نظر گرفتن جریانات نقد ورودی یا خروجی در انتهای زیردوره) و Pt-1 در مخرج کسر، ارزش کل دارایی‌های وی در ابتدای زیردوره tام (با در نظر گرفتن جریانات نقد ورودی یا خروجی در ابتدای زیردوره) را نشان می‌دهد. در این صورت، بازده یک دوره مشخص، از حاصل‌ضرب بازده هر یک از زیردوره‌های مربوطه به‌دست می‌آید.
در صورت لزوم (مثلاً در صورتی که قرارداد قبل از یک سال از جانب مشتری فسخ شود، اما کارمزدها و بازده‌ها در متن قرارداد به‌صورت سالانه ذکر شده باشد)، جهت سالانه کردن بازده به‌دست‌آمده در مدت سبدگردانی، از رابطه زیر استفاده می‌شود:
که در آن:
RA = بازده سالانه‌شده (Annualized Return)؛
Rt = بازده محاسبه‌شده (با توجه به رابطه MWRR یا TWRR) در یک دوره مشخص که قصد سالانه کردن آن وجود دارد؛
T = طول دوره سبدگردانی به روز را نشان می‌دهد.
به‌عبارت دیگر همان‌گونه که مشاهده می‌شود، در تمام قراردادهای سبدگردانی، بازده دوره مدیریت سبد به‌صورت مرکب (compound) سالانه می‌شود، نه به‌صورت خطی (linear) آن‌گونه که در سیستم بانکی مرسوم است.
کارمزد ثابت در قراردادهای سبدگردانی با توجه به نوع اوراق بهادار موجود در پرتفوی مشتری، برای طبقه سهام برابر با ۲.۰~۱.۰ درصد و برای طبقه اوراق با درآمد ثابت برابر با ۱.۰~۰.۵ در سال در نظر گرفته می‌شود (که البته به‌صورت روزانه در پایان هر روز تقویمی، به‌نفکیک نوع دارایی محاسبه و ذخیره آن لحاظ می‌شود).
از کارمزد ثابت معمولاً برای پوشش هزینه‌های ثابت سبدگردان، شامل هزینه‌های اجرایی (مانند هزینه‌های پرسنلی و اداری یا نرم‌افزاری) و هزینه‌های نظارتی (مانند حق‌الزحمه حسابرس و امین یا حق نظارت سازمان بورس) استفاده می‌شود.
برای محاسبه کارمزد متغیر یا کارمزد عملکرد (Performance-Based Fee) اگرچه می‌توان از روابط مختلفی استفاده کرد، اما مرسوم‌ترین آن در ایران (با توجه به سابقه تاریخی نرخ بهره و تورم) موسوم به رابطه ۲۰-۲۰ است؛ بدین معنی که تا ۲۰ درصد بازده در سال (نرخ موسوم به Hurdle Rate) از کارمزد متغیر معاف است، اما کارمزد متغیر سبدگردان از مازاد بازده (Excess Return) کسب‌شده (یعنی افزون بر ۲۰ درصد بازده مذکور در سال) برابر با ۲۰ درصد است. امکان تعریف کارمزد به‌صورت پلکانی نیز وجود دارد که معمولاً برای قرادادهای سبدگردانی با مبالغ بالا از آن استفاده می‌شود.
علاوه بر این، امکان تعریف کارمزد متغیر بر مبنای یک شاخص مشخص (مثل شاخص کل بازار بورس یا شاخص قیمت یک کالای خاص) نیز وجود دارد، اما در این صورت باید توجه داشت در صورتی که به‌عنوان مثال، بازده شاخص کل بورس طی یک سال منفی، اما بازده سبد مشتری به‌میزان کمتری نسبت به شاخص منفی باشد، به عملکرد سبدگردان کارمزد تعلق می‌گیرد (که البته منطقی هم هست، چرا که با توجه به مدیریت فعال پرتفوی، سبدگردان عملکرد بهتری نسبت به شاخص کل داشته است).
کارمزد متغیر (در صورت وجود)، بخش اصلی سود شرکت‌های سبدگردان را تشکیل می‌دهد.